Kurikulum Magister Keuangan Daerah terdiri dari:
I. Matakuliah Matrikulasi (Non– SKS)
- Teori Ekonomi
- Manajemen dan Akuntansi
- Statistika dan Komputer
- Bahasa Inggris
- Etnografi Pembangunan Papua
II. Mata Kuliah Semester I
- Perencanaan dan Penganggaran
- Manajemen Pemerintah Daerah
- Akuntansi Sektor Publik
- Analisis Ekonomi Pembangunan Daerah
III. Mata Kuliah Semester II
- Keuangan Negara dan Daerah
- Manajemen Aset Pemerintah
- Akuntansi Manajemen Sektor Publik
- Manajemen Stratejik Sektor Publik
IV. Mata Kuliah Semester III
- Metode Penelitian
- Manajemen Proyek Sektor Publik
- Audit Keuangan Sektor Publik
- Sistem Pengendalian Manajemen Sektor Publik
- Statistika Terapan
V. Mata Kuliah Semester IV
- Tesis